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Without haste, but without rest. Johann Wolfgang von Goethe
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  概要 (2016年1月1日 現在)

名前  :  青木 裕一

所属  :   東北大学 大学院情報科学研究科 生命情報システム科学分野 木下・大林研究室   

役職  :   産学官連携研究員 (JST-CREST: 植物栄養細胞をモデルとした藻類脂質生産系の戦略的構築)   

生年月日  :  1985年10月13日 (満30歳)

国籍  :  日本

  研究活動

専門分野  :  

  • 分子生物学・生化学
  • 植物生理学
  • ゲノム科学
  • バイオインフォマティクス
  • 人工知能

キーワード  :

  • 転写制御
  • 遺伝子共発現
  • 植物二次代謝 (イソプレノイド・フラボノイド)
  • 微細藻類
  • クラミドモナス (Chlamydomonas reinhardtii)
  • パラゴムノキ (Hevea brasiliensis)

所属学会  :

  • 日本分子生物学会  
  • 日本植物生理学会  
  • 日本植物細胞分子生物学会  
  • 日本光合成学会  
  • 日本バイオインフォマティクス学会  
  • International Society for Computational Biology  
  • 人工知能学会  

  資格

  • バイオインフォマティクス技術者 (2012-)  
  • プロジェクトマネジメント・コーディネーター (2011-)  

  連絡先

  • E-mail (職場)  :  aoki (at) sb.ecei.tohoku.ac.jp
  • E-mail (個人)  :  aoyu1013 (at) gmail.com

  学歴

時期 所属 学位
2011-2014 東北大学 大学院工学研究科 バイオ工学専攻 応用生命化学講座 (中山研究室) 博士 (工学)
2009-2011 東北大学 大学院工学研究科 バイオ工学専攻 応用生命化学講座 (中山研究室) 修士 (工学)
2005-2009 東北大学 工学部 化学・バイオ工学科 応用生命化学講座 (中山研究室) 学士 (工学)

  職歴

時期 所属 役職
2016-現在 高知工科大学 大学院工学研究科 基盤工学専攻 物質生命システム工学コース 非常勤講師 (兼任)
2014-現在 東北大学 大学院情報科学研究科 応用情報科学専攻 応用生命情報学講座 (木下・大林研究室) 産学官連携研究員 (CREST研究員)
2012-2014 東北大学 大学院情報科学研究科 応用情報科学専攻 応用生命情報学講座 (木下・大林研究室) リサーチ・アシスタント

  教育経験

時期 概要
2016- "バイオインフォマティックス集中講義"の受講生 (修士学生・博士学生・教職員) を対象に、 生物統計学およびRを用いたデータ解析技術を指導。
2014 "科学者の卵養成講座"の受講生 (高校生) を対象に、 分子生物学的実験技術およびバイオインフォマティクス解析技術を指導。
2009-2011 "化学・バイオ工学実験"の受講生 (学部三年生) を対象に、 分子生物学的実験技術 (PCRなど) を指導。
  準備中
  1. 微細藻類の遺伝子共発現データベース    ALCOdb    »»»    Icon of ALCOdb
  2. 藍藻の遺伝子共発現データベース    ALCOdbCyano    »»»    Icon of ALCOdbCyano

  原著論文 8

  1. Satoshi Yamashita, Haruhiko Yamaguchi, Toshiyuki Waki, Yuichi Aoki, Makie Mizuno, Fumihiro Yanbe, Tomoki Ishii, Ayuta Funaki, Yuzuru Tozawa, Yukino Miyagi-Inoue, Kazuhisa Fushihara, Toru Nakayama, Seiji Takahashi    Identification and reconstitution of the rubber biosynthetic machinery on rubber particles from Hevea brasiliensis.    eLife, 5, e19022 (2016)   
  2. Atsuki Tsuruya, Akika Kuwahara, Yuta Saito, Haruhiko Yamaguchi, Takahisa Tsubo, Shogo Suga, Makoto Inai, Yuichi Aoki, Seiji Takahashi, Eri Tsutsumi, Yoshihide Suwa, Hidetoshi Morita, Kenji Kinoshita, Yukari Totsuka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Takeshi Mizukami, Akira Yokoyama, Takefumi Shimoyama, Toru Nakayama    Ecophysiological consequences of alcoholism on human gut microbiota: implications for ethanol-related pathogenesis of colon cancer.    Scientific Reports, 6, 27923 (2016)   
  3. Yuichi Aoki, Yasunobu Okamura, Hiroyuki Ohta, Kengo Kioshita, Takeshi Obayashi    ALCOdb: Gene Coexpression Database for Microalgae.    Plant and Cell Physiology, 57(1), e3 (2016)   
  4. Yuichi Aoki*(*Co-First), Yasunobu Okamura*, Shu Tadaka, Kengo Kioshita, Takeshi Obayashi    ATTED-II in 2016: a plant coexpression database towards lineage-specific coexpression.    Plant and Cell Physiology, 57(1), e5 (2016)   
  5. Yasunobu Okamura*, Yuichi Aoki* (*Co-First), Takeshi Obayashi*, Shu Tadaka, Satoshi Ito, Takahumi Narise, Kengo Kioshita    COXPRESdb in 2015: coexpression database for animal species by DNA-microarray and RNAseq-based expression data with multiple quality assessment systems.    Nucleic Acids Research, 43, D82-6 (2015)   
  6. Yuichi Aoki, Seiji Takahashi, Satoshi Toda, Tanetoshi Koyama and Toru Nakayama    Transcriptional responses of laticifer-specific genes to phytohormones in a suspension-cultured cell line derived from petioles of Hevea brasiliensis.    Plant Biotechnology, 31(5), 593-598 (2014)   
  7. Yuichi Aoki, Seiji Takahashi, Daisuke Takayama et al.    Identification of laticifer-specific genes and their promoter regions from a natural rubber producing plant Hevea brasiliensis.    Plant Science, 225, 1-8 (2014)   
  8. Takeshi Obayashi, Yasunobu Okamura, Satoshi Ito, Shu Tadaka, Yuichi Aoki, Matsuyuki Shirota and Kengo Kinoshita    ATTED-II in 2014: evaluation of gene coexpression in agriculturally important plants.    Plant and Cell Physiology, 55(1), e6 (2014)   

  博士学位論文 1

  • 青木 裕一    パラゴムノキの天然ゴム生合成機構に関する研究 (A Study on Biosynthetic Mechanism of Natural Rubber in Hevea brasiliensis)   

  招待講演 3

  1. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Gene Coexpression Analysis of Chlamydomonas by Using ALCOdb    17th International Conference on the Cell and Molecular Biology of Chlamydomonas    (Kyoto International Conference Center, July 26 - July 1, 2016)   
  2. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    遺伝子共発現による機能モジュール探索手法のラン藻への応用    平成28年度 ラン藻ゲノム交流会    (Tokyo University, June 25, 2016)   
  3. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    NGSデータを駆使した非モデル生物の遺伝子共発現解析    NGS現場の会 第四回研究会    (Tsukuba International Congress Center, July 1-3, 2015)   

  学会口頭発表 12

  1. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Impact of evolutionary age on gene coexpression network architecture (Lightning Talk)    Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016    (Tokyo International Exchange Center, September 29 - October 1, 2016)   
  2. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Impact of Evolutionary Age on Gene Co-expression Network Architecture in Arabidopsis thaliana (Lightning Talk)    The 3rd CWRU-Tohoku Joint workshop Collaboration on Data Science Engineering    (Tohoku University, August 9, 2016)   
  3. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Identification of Genomic Features Associated with Gene Coexpression in Arabidopsis thaliana    The 57th Annual Meeting of The Japanese Society of Plant Physiologists    (Iwate University, Mar 18-20, 2016)   
  4. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdbの構築と光合成研究への応用 (Lightning Talk)    第6回 日本光合成学会年会    (Okayama International Center, May 22-23, 2015)   
  5. Yuichi Aoki, Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Construction of Gene Coexpression Database for Microalgal Species    The 56th Annual Meeting of The Japanese Society of Plant Physiologists    (Tokyo University of Agriculture, March 16-18, 2015)   
  6. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    ゲノム配列に基づく共発現遺伝子ペアの推定    第6回 生命情報科学若手の会・研究会    (RIKEN Center for Developmental Biology, October 29-30, 2014)   
  7. Yuichi Aoki, Satoshi Ito, Yasunobu Okamura, Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Genome-based prediction of gene coexpression network in Arabidopsis thaliana (Lightning Talk)    Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2014    (Sendai International Center, October 2-4, 2014)   
  8. 青木 裕一, 高橋 征司, 大林 武, 中山 亨    パラゴムノキのRubber Elongation Factorの転写制御機構の解析    第32回 日本植物細胞分子生物学会（盛岡）大会・シンポジウム    (Aiina Iwate, August 21-22, 2014)   
  9. 青木 裕一, 高橋 征司, 解良 康太, 村瀬 雅彦, 須藤 剛, 李 惠眞, 寺内 大樹, 鈴木 一樹, 沓川 諒, 古山 種俊, 中山 亨    高等植物のシス型プレニルトランスフェラーゼの包括的機能解析    第23回 イソプレノイド研究会・例会    (The University of Tokyo, September 14, 2013)   
  10. 青木 裕一, 鈴木 一樹, 高橋 征司, 中山 亨    パラゴムノキのシス型プレニル鎖延長酵素群の機能解析    第31回 日本植物細胞分子生物学会（札幌）大会・シンポジウム    (Hokkaido University, September 10-12, 2013)   
  11. 青木 裕一, 高橋 征司, 戸田 哲史, 佐野 亮輔, 鈴木 秀幸, 柴田 大輔, 古山 種俊, 中山 亨    アグロバクテリウムを用いたパラゴムノキ培養細胞の形質転換    第30回 日本植物細胞分子生物学会（生駒）大会・シンポジウム    (Nara Institute of Science and Technology, August 3-5, 2012)   
  12. 青木 裕一, 高橋 征司, 高山 大輔, 尾形 善之, 櫻井 望, 鈴木 秀幸, 柴田 大輔, 古山 種俊, 中山 亨    天然ゴム高生産にむけたパラゴムノキラテックス特異的高発現遺伝子群のプロモーター解析    第28回 日本植物細胞分子生物学会（仙台）大会・シンポジウム    (Tohoku University, September 2-3, 2010)   

  学会ポスター発表 19

  1. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Impact of evolutionary age on gene coexpression network architecture    Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016    (Tokyo International Exchange Center, September 29 - October 1, 2016)   
  2. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Effect of Nucleosome Positioning on Gene Co-expression Network in Arabidopsis thaliana    第34回 日本植物細胞分子生物学会（上田）大会    (Shinshu University, September 1-3, 2016)   
  3. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Impact of Evolutionary Age on Gene Co-expression Network Architecture in Arabidopsis thaliana    The 3rd CWRU-Tohoku Joint workshop Collaboration on Data Science Engineering    (Tohoku University, August 9, 2016)   
  4. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Gene age determines the fundamental structure of the gene coexpression network    ISMB2016 (24th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology)    (Orlando, July 10-12, 2016)   
  5. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Involvement of evolutionary age in transcription factor mediated gene regulatory network    ISMB2016 RegGenSIG    (Orlando, July 9, 2016)   
  6. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Relationship Analysis between Nucleosome Positioning Dynamics and Gene Coexpression    BMB2015 (The 38th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan)    (Kobe Port Island, December 1-4, 2015)   
  7. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    藍藻の遺伝子共発現データベース構築の現状と課題    藍藻の分子生物学2015    (Kazusa Akademia Center, November 16-17, 2015)   
  8. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Relationship Analysis between 3D Genome Architecture and Gene Coexpression    Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2015    (Uji Obaku Plaza, October 29-31, 2015)   
  9. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    ALCOdbを用いたクラミドモナスの遺伝子共発現解析    第12回 クラミドモナス研究会    (Chuo University, September 3-4, 2015)   
  10. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    ALCOdb: a gene coexpression database for microalgal species    23rd Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB/ECCB 2015)    (Convention Centre Dublin, July 10-14, 2015)   
  11. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    NGSデータを駆使した非モデル生物の遺伝子共発現解析    NGS現場の会 第四回研究会    (Tsukuba International Congress Center, July 1-3, 2015)   
  12. 青木 裕一, 大林 武, 木下 賢吾    微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdbの構築と光合成研究への応用    第6回 日本光合成学会年会    (Okayama International Center, May 22-23, 2015)   
  13. Yuichi Aoki, Satoshi Ito, Yasunobu Okamura, Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Exploring genomic features associated with the gene coexpression in Arabidopsis thaliana    The 37th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan    (Pacifico Yokohama, November 25-27, 2014)   
  14. Yuichi Aoki, Satoshi Ito, Yasunobu Okamura, Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Genome-based prediction of gene coexpression network in Arabidopsis thaliana    Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2014    (Sendai International Center, October 2-4, 2014)   
  15. Yuichi Aoki, Kazuki Suzuki, Seiji Takahashi, Toru Nakayama    Cloning and characterization of cis-prenyltransferase gene family in Hevea brasiliensis    The 55th Annual Meeting of The Japanese Society of Plant Physiologists    (University of Toyama, March 18-20, 2014)   
  16. 青木 裕一, 高橋 征司, 中山 亨    遺伝子工学的手法を用いた天然ゴム高生産系の構築    生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー 2012    (Montana Resort, June 30 - July 1, 2012)   
  17. Yuichi Aoki, Seiji Takahashi, Toru Nakayama    Identification and promoter analysis of latex specific genes from a natural rubber producing plant, Hevea brasiliensis    5th International Symposium on Chemical-Environmental-Biomedical Technology for Young Researchers    (Tohoku University, September 5-8, 2010)   
  18. Yuichi Aoki, Seiji Takahashi, Toru Nakayama    Identification of latex specific genes in a natural rubber producing plant, Hevea brasiliensis    21st International Conference on Arabidopsis Research    (Pacifico Yokohama, June 6-10, 2010)   
  19. Yuichi Aoki, Seiji Takahashi, Daisuke Takayama, Hideyuki Suzuki, Daisuke Shibata, Tanetoshi Koyama, Toru Nakayama    Promoter analysis of latex-specific genes in Hevea brasiliensis    9th International Meeting: Biosynthesis and Function of Isoprenoids in Plants, Microorganisms and Parasites    (The University of Tokyo, May 25-29, 2009)   
  1. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita    Impact of evolutionary age on gene coexpression network architecture    Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016    (Tokyo International Exchange Center, September 29 - October 1, 2016)         
  2. 青木 裕一, 高橋 征司, 中山 亨    遺伝子工学的手法を用いた天然ゴム高生産系の構築    生物工学若手研究者の集い 2012 ポスター賞    (Montana Resort, June 30 - July 1, 2012)      
  1. 戦略的創造研究推進事業・ACT-I「情報と未来」 （2016~2017年度） 「遺伝子相互作用の高精度モデリングに向けたペア ワイズ深層学習モデルの開発」 研究課題番号:XXX (代表 XXX千円)      
  2. 科研費・若手研究B （2015~2016年度） 「ヌクレオソーム配置を介した遺伝子発現制御機構の解明：ゲノム高次構造と遺伝子共発現」 研究課題番号:15K20863 (代表 4030千円)